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伯豪生物
原核轉(zhuǎn)錄組測序
 電子資料  調(diào)研問卷

技術(shù)簡介

原核生物來的 mRNA 沒有 polyA 結(jié)構(gòu),因此可采用 rRNA 去除的方法,采用鏈特異性測序同時(shí)對原核生物的 mRNA 和 ncRNA 進(jìn)行高通量測序。

伯豪優(yōu)勢

樣本處理:超過 70 種細(xì)菌的 RNA 抽提經(jīng)驗(yàn);

文庫構(gòu)建:高效的原核生物 rRNA 去除方法,低至 200ng 起始的建庫能力;

質(zhì)控管理:ISO9001 認(rèn)證,Illumina CSPro 認(rèn)證;

數(shù)據(jù)分析:學(xué)術(shù)界權(quán)威的算法和流程;分析內(nèi)容涵蓋原核生物的 mRNA 和 ncRNA;靈活的定制分析;

項(xiàng)目成果:協(xié)助客戶發(fā)表多篇論文,影響因子 8.258。

實(shí)驗(yàn)流程

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)——樣本取材——RNA 抽提——rRNA 去除——文庫構(gòu)建——測序——數(shù)據(jù)分析

樣本要求

樣本類型:total RNA

樣本總量:≥2μg

樣本濃度:≥50ng/ul

分析流程

原核轉(zhuǎn)錄組測序分析流程

案例展示

案例一

研究背景

環(huán)二鳥苷酸(c-di-GMP) 是一種廣泛存在于細(xì)菌中的第二信使,參與調(diào)節(jié)多種生理功能,包括細(xì)胞分化、信號傳遞、生物膜形成、致病因子產(chǎn)生以及群體感應(yīng)系統(tǒng)的調(diào)控等。分枝桿菌是一類重要的病原微生物,具有抗酸性、生長緩慢、結(jié)構(gòu)復(fù)雜,對干燥、冷、酸堿等抵抗力強(qiáng)的生物學(xué)特性。

研究思路

原核轉(zhuǎn)錄組測序研究思路

研究成果

HPLC 分析表明,在 H2O2 的脅迫下,M.smegmatis 胞內(nèi) c -di-GMP 的含量有明顯的提高。過表達(dá) C -di-GMP 環(huán)化酶 ydeH,在 H2O2 的脅迫下,M.smegmatis 生長良好。表明高濃度的 c -di-GMP 提高了分枝桿菌的抗氧化能力。轉(zhuǎn)錄組測序(伯豪提供)結(jié)果表明,過表達(dá) c -di-GMP,引起了一個(gè)保守的氧化還原基因簇(Ms5855-Ms5865)的表達(dá)。進(jìn)一步的研究發(fā)現(xiàn),Ms5860 對于分枝桿菌 H2O2 的氧化防御起著重要作用。而蛋白 HpoR 能夠結(jié)合 hpoR operon 的上游調(diào)控序列,負(fù)向調(diào)控其表達(dá)。胞內(nèi)累積的 c -di-GMP,能夠特異結(jié)合 HpoR 蛋白,使得 hpoR operon 的表達(dá)得到恢復(fù),進(jìn)而提高了細(xì)菌對于氧化脅迫環(huán)境的抵御能力。

原核轉(zhuǎn)錄組測序研究結(jié)果

參考文獻(xiàn)

Li Weihui, Li Meng, Hu Lihua et al. HpoR, a novelc-di-GMP effective transcription factor, links the second messenger'sregulatory function to the mycobacterial antioxidant defense.[J] .Nucleic Acids Res., 2018, 46: 3595-3611.



案例二

研究背景 2

井岡霉素是由吸水鏈霉素井岡變種(Streptomyceshygroscopicusvar.jinggangensis)產(chǎn)生的農(nóng)用抗生素,其具有高效無毒、對環(huán)境友好、抗性低等特點(diǎn),為我國防治水稻紋枯病重要的生物農(nóng)藥之一。目前我國井岡霉素的年產(chǎn)量達(dá) 5 - 7 萬噸,其施用范圍和市場巨大。

研究成果

上海伯豪攜手上海交通大學(xué)對吸水鏈霉菌 5008(Streptomyces hygroscopicus 5008)高產(chǎn)量生產(chǎn)井崗霉素(Validamycin)的研究做出重要貢獻(xiàn)。研究人員對吸水鏈霉菌的 γ - 丁內(nèi)酯(GBL)合成基因 afsA 與丁內(nèi)酯受體基因 arpA 分別進(jìn)行敲除和過表達(dá)改造。通過上海伯豪的 Illumina Hiseq2500mRNA 測序服務(wù)對吸水鏈霉菌基因變化進(jìn)行分析,從而開發(fā)得到了井崗霉素高產(chǎn)量的吸水鏈霉菌(產(chǎn)量比改造前增加 55%),為吸水鏈霉菌生產(chǎn)井岡霉素的基因工程改造做出了重要貢獻(xiàn)。

原核轉(zhuǎn)錄組測序案例二研究結(jié)果

參考文獻(xiàn)

Tan GY, Peng Y, Lu C, et al. Engineering validamycin production by tandem deletion of γ-butyrolactone receptor genes in Streptomyces hygroscopicus 5008. Metab Eng. 2015, 28:74-81.

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