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small RNA 是指長度在 18~30nt 的內(nèi)源性 RNA，包括 miRNA，siRNA 和 piRNA 等。它們在 mRNA 的轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平的調(diào)控中發(fā)揮重要作用，參與細(xì)胞生長、分化、代謝等各個(gè)生物學(xué)過程，對生物體的正常發(fā)育和疾病過程起著關(guān)鍵作用。Small RNA 測序是指基于高通量測序平臺對目標(biāo)樣本的 small RNA 進(jìn)行大規(guī)模檢測，同時(shí)發(fā)現(xiàn)新的小 RNA，結(jié)合生物信息學(xué)挖掘手段，研究 small RNA 的功能、結(jié)構(gòu)和調(diào)控機(jī)制。
樣本處理：超過 200 種樣本的 RNA 抽提經(jīng)驗(yàn)；易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案；
文庫構(gòu)建：兼容組織、細(xì)胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力；
質(zhì)控管理：ISO9001 認(rèn)證，Illumina CSPro 認(rèn)證；
數(shù)據(jù)分析：學(xué)術(shù)界權(quán)威的算法；針對 miRNA、siRNA、piRNA 和 tRFs 的特定分析流程；全面的分析內(nèi)容；靈活的定制分析；
項(xiàng)目成果：協(xié)助客戶在 miRNA、piRNA、tRFs 領(lǐng)域發(fā)表多篇論文。
實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)——樣本取材——RNA 抽提——文庫構(gòu)建——測序——數(shù)據(jù)分析
樣本類型：含有 samll RNA 的 total RNA
樣本總量：≥2μg
樣本濃度：≥50ng/ul
推薦數(shù)據(jù)量：≥20M reads/ 樣本
案例一
外泌體攜帶蛋白質(zhì)、mRNA 和 miRNA，參與細(xì)胞廢物管理和細(xì)胞間通訊。在細(xì)胞和動(dòng)物模型中，mTORC1 的持續(xù)激活會抑制外泌體的釋放，導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi) CD63 陽性外泌體前體的積累。雷帕霉素或營養(yǎng)和生長因子的缺乏會抑制 mTORC1 并促進(jìn)外泌體釋放，同時(shí)引起細(xì)胞自噬。對雷帕霉素處理的細(xì)胞所釋放外泌體中成分含量的分析發(fā)現(xiàn)，抑制 mTORC1 并不會顯著改變其大多數(shù)蛋白和 miRNA 的組成。這一研究揭示了外泌體分泌受營養(yǎng)調(diào)節(jié)的機(jī)制，提示 mTORC1 可能通過同時(shí)抑制自噬與外泌體釋放，導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)廢物累積，從而促進(jìn)衰老。
Zou W, Lai M, Zhang Y. et al. Exosome Release Is Regulated by mTORC1. Adv Sci. 2018 Dec 11;6(3):1801313.
圖：mTORC1 處理后外泌體 miRNA 及蛋白質(zhì)組成
案例二
生殖系細(xì)胞中存在一類特異地與 PIWI 家族蛋白質(zhì)相互作用的小分子 RNA，即 PIWI-interacting RNA，簡稱 piRNA，能夠引導(dǎo)蛋白質(zhì)沉默散落于基因組中的轉(zhuǎn)座子，從而束縛轉(zhuǎn)座子，維持基因組的穩(wěn)定性和完整性。piRNA 的 5′末端具有很強(qiáng)的 U 堿基偏好性，其 3' 末端被 2′-O-Me 修飾，以保護(hù)其免受核酸外切酶降解。Pnldc1 突變小鼠表現(xiàn)出了減數(shù)分裂和精子發(fā)生時(shí)期障礙，這種功能缺陷與 LINE1 活性相關(guān)。文章證實(shí)了 PNLDC1 對于 piRNA 前體 3‘修剪具有必要的作用，使得 30-40 nt piRNAs 前體能夠轉(zhuǎn)化為成熟的 piRNA，而 Pnldc1 突變小鼠仍然能夠正常進(jìn)行 5‘piRNA 修剪。Pnldc1 突變小鼠中由于 3’不能正常發(fā)生修剪而形成的變長的 piRNA，雖然能夠與 MILI 蛋白結(jié)合，卻不能發(fā)揮正常的生理功能，致使 L1 轉(zhuǎn)座子不能正常沉默而導(dǎo)致雄性不育。
Cui Yq, G Xj, Shen B. An essential role for PNLDC1 in piRNA 3′ end trimming and male fertility in mice. Cell Res.10.1038/cr.2017.125.
圖 piRNA 在 Pnldc1 突變小鼠中 24-30nt 的前粗線期 piRNA 總量減少了 72.51%
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