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scRNA-seq 探究腫瘤免疫光環(huán)下的隱秘角落
發(fā)布時(shí)間:2020-08-04 瀏覽次數(shù):8217
近些年,腫瘤免疫治療發(fā)展火熱,被人們寄予厚望,然而,評(píng)價(jià)一種療法除了看療效,還要看副作用。以藥物開(kāi)發(fā)經(jīng)常使用的指標(biāo)IC50(半抑制濃度)為例,人們更希望以很小的劑量就達(dá)到治療的效果,往往大的劑量意味著更多的副作用。

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近些年,腫瘤免疫治療發(fā)展火熱,被人們寄予厚望,然而,評(píng)價(jià)一種療法除了看療效,還要看副作用。以藥物開(kāi)發(fā)經(jīng)常使用的指標(biāo) IC50(半抑制濃度)為例,人們更希望以很小的劑量就達(dá)到治療的效果,往往大的劑量意味著更多的副作用。那么,免疫治療是否真像看上去那么完美?2020 年 6 月 25 日哈佛大學(xué) Kai W. Wucherpfennig 和 Michael Dougan 研究組的文章 Molecular Pathways of Colon Inflammation Induced by Cancer Immunotherapy 在 Cell 雜志上發(fā)表,研究者通過(guò)運(yùn)用單細(xì)胞 RNA 測(cè)序(scRNA-seq)和流式細(xì)胞技術(shù)(flow cytometry)直接分析了近期采用免疫療法的黑色素瘤病人的腸道活體樣本,深入解析了誘發(fā) +CPI colitis 的細(xì)胞和分子通路并預(yù)測(cè)了潛在的治療靶點(diǎn)。

單細(xì)胞 RNA 測(cè)序

研究路線

單細(xì)胞 RNA 測(cè)序

重要結(jié)果

1. 納入免疫檢查點(diǎn)抑制劑(CPI)治療后發(fā)生和未發(fā)生結(jié)腸炎的患者以及健康對(duì)照,用單細(xì)胞技術(shù)分析結(jié)腸組織樣本中的免疫細(xì)胞。熱圖顯示 CD45+scRNA 序列數(shù)據(jù)集中不同亞群的差異表達(dá)基因(圖 1)。少數(shù)非免疫球蛋白可變基因?qū)ρ獫{ B 細(xì)胞有顯著影響。

單細(xì)胞 RNA 測(cè)序

圖 1CD45+scRNA 序列數(shù)據(jù)集中不同亞群的差異表達(dá)基因

單細(xì)胞 RNA 測(cè)序

圖 2 在暴露于不同 CPI 藥物的結(jié)腸炎患者中觀察到類(lèi)似的 T 細(xì)胞亞群變化,包括 ipilimumab 單藥治療(患者 C2),ipilimumab 和 nivolumab 聯(lián)合治療(患者 C3),以及序貫 pembrolizumab 和 ipilimumab(患者 C1)

2. 發(fā)生結(jié)腸炎的患者中,CD8+ 組織駐留記憶 T 細(xì)胞分化產(chǎn)生大量細(xì)胞毒性效應(yīng) T 細(xì)胞,可以解釋為何 CPI 能很快誘發(fā)結(jié)腸炎。CD8+ T 細(xì)胞區(qū)室的整體組織顯示 +CPI 結(jié)腸炎患者和兩個(gè)對(duì)照組之間的顯著差異:亞群 7(細(xì)胞毒性效應(yīng)物)和 8(循環(huán) T 細(xì)胞,MKI67+)幾乎不包括 +CPI 結(jié)腸炎患者(圖 3~5)。

單細(xì)胞 RNA 測(cè)序

圖 3 患者組中 CD8 T 細(xì)胞亞群的分布

伯豪生物單細(xì)胞 RNA 測(cè)序


圖 4 每個(gè)患者的 8 個(gè)亞群中 CD8T 細(xì)胞的分布,CT,對(duì)照;NC,無(wú)結(jié)腸炎;C,結(jié)腸炎。

伯生物單細(xì)胞 RNA 測(cè)序

圖 5 患者組間細(xì)胞亞群頻率表征的量化

3. CTLA-4+ 調(diào)節(jié)性 T 細(xì)胞也增多并持續(xù)存在,提示結(jié)腸炎不是這些細(xì)胞缺失引起的。

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圖 6 用 FoxP3+CD4+Treg 細(xì)胞(每組 6 -10 名受試者)定量檢測(cè) CTLA- 4 的表達(dá)

4. 鑒定出髓系細(xì)胞和 T 細(xì)胞中高表達(dá)的若干細(xì)胞因子、趨化因子和表面受體,或能作為結(jié)腸炎和其他 CPI 相關(guān)炎癥的治療靶點(diǎn)。

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圖 7 與對(duì)照組相比,+CPI 結(jié)腸炎患者的 T 細(xì)胞中趨化因子受體基因 CXCR3 和 CXCR6 上調(diào)

小結(jié)

綜上所述,該研究初次從單細(xì)胞水平詳細(xì)探討了腸道樣本中不同免疫細(xì)胞因免疫治療引起變化的機(jī)制,發(fā)現(xiàn)了毒性 CD8+ T 細(xì)胞,增殖 CD8+ T 細(xì)胞以及 CD4+ Treg 細(xì)胞在 +CPI colitis 樣本中的富集,并且基于 TCR 序列信息驗(yàn)證了 +CPI colitis 特異性以及 CD8+ T 細(xì)胞大部分來(lái)源于 CD8+ Trm 細(xì)胞,通過(guò)對(duì)不同細(xì)胞因子的分析識(shí)別出了潛在的因免疫檢測(cè)點(diǎn)阻斷誘發(fā)的腸炎或其他 irAEs 的治療靶點(diǎn)。


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