在有限的細(xì)胞核空間中，基因組的大部分是緊密折疊的，僅留下需要轉(zhuǎn)錄的部分是開放的。打開的染色質(zhì)，就允許一些調(diào)控蛋白（比如轉(zhuǎn)錄因子和輔因子）跑過來與之相結(jié)合。而染色質(zhì)的這種特性，就叫做染色質(zhì)的可及性（chromatin accessibility）。ATAC-seq 是利用高通量測序檢測轉(zhuǎn)座酶易接近的染色質(zhì)的技術(shù)。ATAC-seq 只需要很少的細(xì)胞就能鑒定基因組中所有活躍的調(diào)控序列。
應(yīng)用方向
1、腫瘤研究；
2、胚胎發(fā)育；
3、免疫系統(tǒng)疾病。
案例分享 [1]
研究思路
研究結(jié)果
綜上所述，作者發(fā)現(xiàn) IHs 的核染色質(zhì)比正常組織的核染色質(zhì)更開放，這證實了 IHs 的新血管化和腫瘤特征，以及表觀遺傳學(xué)在 IHs 中確實發(fā)揮了作用。共鑒定到 252 個基因，分別為 SPDEF、REVERB、TBX20、EBF1、SOX4、GATA:SCL 和 SOX6。認(rèn)為 TFs SPDEF 和 SOX4 可能參與了 IHs 的發(fā)病機制。SPDEF 可能通過 EPHA5、zbtb46 和 SASH1 起作用，而不是引起差異表達；SOX4 可能通過 MMP12 和 HIVEP3 發(fā)揮作用。在增殖中期和晚期，不受調(diào)控的 EPHA5、ZBTB46 或 SASH1 發(fā)揮抑制作用，而 mmp12 或 HIVEP3 的促進作用被下調(diào)。研究結(jié)果提高了對 IHs 的認(rèn)識。
案例分享 [2]
研究思路
研究結(jié)論
文章使用高靈敏度的 ATAC-seq 分析人 α 細(xì)胞和 β 細(xì)胞中的開放染色質(zhì)，高精度定位潛在的 α 細(xì)胞和 β 細(xì)胞特異性基因的調(diào)控區(qū)域。與人 α 細(xì)胞和 β 細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的整合發(fā)現(xiàn)了這兩種細(xì)胞類型的特征基因。對 ATAC-seq 所定義的開放染色質(zhì)區(qū)域與一些糖尿病風(fēng)險 snp 位點有重疊，以及對可能在 α 和 β 細(xì)胞中發(fā)揮重要作用的新轉(zhuǎn)錄因子有富集。本研究為未來的研究提供了一個重要的數(shù)據(jù)集和多種新的研究途徑。
兄 dei！是否擔(dān)心你的數(shù)據(jù)？
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